La tradizione racconta che sia stata murata con la calcina impastata con il sangue dei montoni (becchi) scambiati con i Fiorentini fatti prigionieri nella battaglia di Monteaperti, o anche che appartenesse ad una famiglia con tale nome. Ma alcuni ritengono che il nome "fontebecci" stia semplicemente ad indicare "fonte per berci". A parte le leggende, è tra le fonti più antiche in assoluto, forse di origine romana; viene ricordata per la prima volta in un atto di donazione del 1110. Essendo lontana dalla città, al bivio della strada romana tra Firenze, Volterra e Siena, era spesso esposta agli attacchi dei nemici e delle compagnie di ventura. Anche il suo bottino veniva spesso rovinato. Fu rivestita in muratura forse nel 1309, ma rimase scarsa d'acqua che fu deviata nei due vicini rami maestri dei bottini di Fonte Gaia e Fontebranda.