infile clinic str5 tx str5 y count using landis.dat

***
*** recode and label
***
encode y, generate(yn)
recode yn 1=1 2=0
label define ynames 0 "(-)" 1 "(+)"
label values yn ynames
table y yn [freq=count]

encode tx, generate(txn)
recode txn 1=0 2=1
label define tnames 0 "control" 1 "treatment"
label values txn tnames
table tx txn [freq=count]

tabulate txn yn [freq=count], chi2 row

***
*** tabulate counts by clinic
***
table txn yn [freq=count], by(clinic) row

***
*** calculate percentages for each clinic
***
table txn [freq=count], by(clinic) row c(mean yn) f(%5.2f)

***
*** Mantel-Haenszel
***
mhodds yn txn [freq=count], by(clinic)

cc yn txn [freq=count], by(clinic) 

cc yn txn [freq=count], by(clinic) bd woolf

cs yn txn [freq=count], by(clinic) 

tabulate txn clinic [freq=count], chi2 col